肠道菌群，人体肠道的正常微生物，如长双岐杆菌，植物乳酸杆菌等能合成多种人体生长发育必须的维生素，还能利用蛋白质残渣合成非必需氨基酸，等，并参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进铁、镁、锌等矿物元素的吸收。
这些营养物质对人类的健康有着重要作用，一旦缺少会引起多种疾病，下面列举与肠道菌群相关的常见疾病。
慢性腹泻与肠道菌群
慢性腹泻是一种症状，可由多种疾病或因素引起。慢性腹泻的诊断和复杂，除一小部分属于致病菌引起外，大部分找不到明确的病因。现在肠道菌群失调作为慢性腹泻的病因已被人们充分认识，有人曾对57例各种原因引起的慢性腹泻人进行分析，发现9例为慢性痢疾，27例为一般性结肠炎，10例为黏液性结肠炎，11例为溃疡性结肠炎。最后的结论是：72%的慢性腹泻是原籍菌（原来就生长在该部位的）异常表现，并无外来菌参加。这一实验说明大部分的慢性腹泻是由菌群失调引起的。但需要注意的是，慢性腹泻中有很小的一部分是由结肠癌引起的。
肠源性内*素血症与肠道菌群
肠源性内*素血症简单地说就是肠道里的内*素进入了血液。内*素是革兰阴性杆菌细胞壁上的脂多糖的组成成分。革兰阴性杆菌是肠道的主要菌群之一，如果肠道内的革兰阴性杆菌量增多，内*素水平也增高或肝脏的解*能力下降，或两者同时具备的话，内*素将进入血液，这就是内*素血症。内*素血症是一种临床疾病，它最多见于肝脏疾病，特别是肝硬化，因为它是一个慢性的过程，所以它的发病形式也是一个隐匿的表现。当然它也会有急性的情况，最多见于大量抗革兰阴性杆菌的抗生素治疗后，由于大量革兰阴性菌被杀死，细胞壁内的脂多糖分解，内*素大量的释放，最终会引起休克等严重的临床表现。
大肠癌与肠道菌群
医学家已广泛的研究大肠癌与肠道菌群的关系，现在可以肯定大肠癌的发病与肠道细菌有关。因为肠道细菌分泌的许多酶如β葡萄糖醛酸酶、硝基还原酶、偶氮还原酶、7—α羟基酶、胆固醇脱氢酶等，都与结肠癌的发生有关。现在的研究表明，这些酶类本身并不致癌，我们的绝大多数食物也并不致癌，但是两者在一起就会变成了致癌物。
肝病与肠道菌群
肝脏患病时，会影响肠道菌群的结构和功能，而肠道菌群失调时又会反过来影响肝脏功能，两者互为结果，引起机体一系列病理改变。
在肝炎、肝硬化中，由于胆汁分泌异常、免疫功能低下等因素，常会引起“小肠污染综合症”。此病能使大肠“定居”的菌群在小肠上部定植。可出现脂肪腹泻，维生素缺乏，碳水化合物及蛋白质吸收不良等临床表现。肝硬化尤其肝昏迷时，常有大肠杆菌大量增加，以及原来主要在下消化道的类杆菌在小肠内大量繁殖，对这些菌的控制，常可使肝昏迷缓解。反之，肝病时，大肠中细菌易移位到空肠，释放出尿素酶，过多地分解尿素产生氨，使血氨升高，就能加重肝昏迷。
胆固醇与肠道菌群
动脉硬化是胆固醇在动脉血管内膜上的一种沉积的表现，它可引起一系列不良影响，如血管壁脆弱，因此，胆固醇和胆汁酸代谢与成人患动脉硬化症有密切关系。在肠道菌群中，有的细菌对胆汁酸产生有益的代谢，有的细菌产生有害代谢，现在已知双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌及屎肠球菌是有益的。很多研究证明乳酸菌存在与血浆胆固醇的减少有直接关系，双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等有益菌可使胆固醇转化为人体不吸收的粪固醇，乳酸菌可产生参与胆固醇的代谢的甲羟戊二酸单酰酶A。
焦虑、抑郁症与肠道菌群
焦虑与抑郁症可能由多方面的病因引起。如精神压力、心理因素、变态反应、营养缺乏或不平衡等。但是，也有证明，某些氨基酸（如色氨酸和苯丙氨酸）对治疗这类疾病很有效。由于乳杆菌在发酵蛋白性物质过程中，可水解蛋白质，释放出色氨酸和苯丙氨酸等氨基酸，因而对防治焦虑和抑郁症有益。
也有研究指出，肠内*素与焦虑和抑郁症可能有相当密切的联系。一旦由于各种原因造成菌群失调时，肠内有益菌减少就会使能水解蛋白质的菌减少，从而使色氨酸、苯丙氨酸减少，病情更加重，也可能是因为菌群失调，使原潜在致病性的有害菌增多，内*素增加，导致焦虑与抑郁症。
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