炎症性肠病患者常常会出现各种腹部不适及大便的异常，仅根据患者描述的症状可能导致疾病活动性评估的误差，据报道多达40％的炎症性肠病患者在不存在肠道炎症的情况下出现的胃肠道症状。此外，躯体不适的存在与肠易激综合征（IBS）症状相关，可能会使这种情况复杂化。因此，仅依靠症状描述可能会导致进行过多的检查和过度治疗，从而导致经济负担，潜在的不良反应以及就疾病结果而言减少的有益回报，同时忽略了持续存在隐匿性炎症活动的无症状患者。
肠道炎症的粪便生物标志物，包括粪便钙卫蛋白，提供了一种可量化，无创且相对廉价的粘膜炎症指标。推荐使用它们来区分器质性和功能性疾病，将其用于监测炎症性肠病中的疾病活动。与炎症性肠病中的内镜疾病活动性评估相比，粪便钙卫蛋白优于临床疾病活动性评估和包括C反应蛋白（CRP）、血沉等在内的炎症的血液指标。
一项研究显示：克罗恩病和溃疡性结肠炎患者根据自我感觉的不适症状报告的病情活动是临床医生决策中要求检查的最一致因素，但自认为病情复发的患者中大约有60％没有粘膜炎症的证据。溃疡性结肠炎药物治疗的升级与粪便钙卫蛋白提示的粘膜炎症的存在和临床疾病活动指数的升高有关，但克罗恩病药物治疗的升级与上述提示的病情活动无关。
溃疡性结肠炎是一种慢性炎症性疾病，可出现反复发作的腹泻和便血症状。溃疡性结肠炎的临床症状差别很大，患者常会经历周期性的疾病发作，这些症状会自发消退或可通过治疗得到控制。在临床实践中，便血和腹泻通常用于监测溃疡性结肠炎患者的疾病活动。腹泻或大便次数增加是溃疡性结肠炎最常见的症状，据报道，超过90％溃疡性结肠炎患者活动期出现便血，并与粘膜炎症及溃疡相关。但内镜黏膜愈合并不总是意味着没有出现相关的临床症状。一种说法是组织学炎症的持续存在仍可能导致这些患者出现症状。
研究发现症状评分通常与内镜评分良好相关，但是有些患者在内镜黏膜愈合时仍表现出症状的持续。虽然内镜下黏膜恢复得越好，出现症状的患者越少；但表现出异常排便（次数增加、大便不成型、大便带粘液、排便不尽感）的患者比例始终高于便血的患者。即使采用更严格的组织学愈合的指标来评价患者症状及内镜下表现的一致性，研究发现增加组织学评估并没有改变报告出现症状的患者比例。此外，在有或没有组织学愈合的不同粘膜愈合定义之间，粪便钙卫蛋白，CRP等炎症指标表达水平没有差异。
尽管这些症状归因于肠易激综合征（IBS），但内镜和组织学均治愈的患者排便频率持续升高的根本原因可能在其他地方。虽然溃疡性结肠炎的炎症和溃疡仅限于粘膜和浅表粘膜下层，但溃疡性结肠炎的慢性炎症会导致整个肠壁的解剖结构明显变形，包括粘膜萎缩和肌肉变化，包括肌层粘膜的纤维肌增生和肌萎缩。肠壁肌肉组织的这些变化反映出结构性的，可能是功能性的肠损伤，可能表现为运动力下降，直肠和结肠变窄以及吸收功能的改变。尽管纤维化是细胞外基质蛋白在粘膜层外的过度沉积，这在克罗恩病中更为常见，但溃疡性结肠炎患者的纤维化可能会导致肠壁僵硬，结肠蠕动和肛门直肠功能障碍，通常没有任何可见的炎症，并可以解释排便频率症状增加，炎症也可能直接损害肠神经系统并影响胃肠运动或对微生物群有间接影响；微生物群的改变可能会影响肠嗜铬细胞产生5-羟色胺，并导致胃肠动力的改变。
因此，对于溃疡性结肠炎来说，肠镜下病情缓解与便血消失有关，但与排便频率完全正常化无关。达到黏膜愈合和组织学缓解并不能改善症状缓解。另外，在这些患者中，未观察到更高的炎症指标水平（钙卫蛋白、CRP、血沉等）。这些数据表明，非炎症性改变（例如肠壁损伤）可能会导致溃疡性结肠炎的排便频率。
对于克罗恩病和溃疡性结肠炎患者来说，评估肠道黏膜炎症及病情活动的最准确的方法是内镜，其次较好的指标是粪便钙卫蛋白，而不是血液指标中的CRP和血沉。
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