近年来，单细胞转录组技术广泛应用于多个研究领域，并发挥了重要的推进作用，揭示了组织中微量的细胞类型和基因表达特征。年即将过去，小编将博奥晶典支持研究者发表的25篇单细胞文章进行汇总，并在文末总结了研究思路供各位老师发文参考。
01
肿瘤领域
肿瘤基质微环境在
肝内胆管细胞癌中的作用
SinglecelltranscriptomicarchitectureandintercellularcrosstalkofhumanintrahepaticcholangiocarcinomaJournalofHepatology（IF：20.）.06北京工业大学研究思路主要结论①构建了肝内胆管癌单细胞图谱，共分析得到10个细胞亚群，并对亚群marker基因进行了注释；②对成纤维细胞进行亚群细分，得到6个细胞亚群，其中血管样成纤维细胞亚群vCAF占比最高，受配体分析发现vCAF和ICC细胞富集了IL6-IL6R受配体对；③体外实验发现血管样成纤维细胞亚群能够显著促进肿瘤和肿瘤干细胞球增殖。研究路线与结果单细胞测序分析结直肠癌进程中的
肿瘤浸润性ILCs
TransdifferentiationoftumorinfiltratinginnatelymphoidcellsduringprogressionofcolorectalcancerCellResearch（IF：20.）.05中科院动物所研究思路主要结论①单细胞测序鉴定出6个ILCs亚群；②早期肿瘤浸润ILCs表达活化型受体，晚期ILC1s抑制性受体表达增高，细胞数量及抗肿瘤功能下降；③ILCs3分为3个亚群，ILC2-C会促进肿瘤的发展；④CRC进展过程中，TGF-β信号刺激ILC3s转分化为高表达IL-10的调节性ILCreg；⑤阻断TGF-β信号可抑制ILCreg转分化和肿瘤生长。肿瘤浸润性ILCs单细胞表达的研究单细胞测序研究派杰氏病患病机制
并提出新的治疗策略
TheMsi1-mTORpathwaydrivesthepathogenesisofmammaryandextramammaryPaget’sdiseaseCellResearch（IF：20.）.05中国农业大学研究思路主要结论①单细胞RNA测序鉴定了不同的细胞状态、新的生物标记和信号通路；②发现MSI1在人PD皮肤基底上皮细胞中异位过表达，并在组织病理学、单细胞和分子水平显示MSI1在人PD小鼠表型表皮基底层中过表达；③利用小鼠模型，确定了新的派杰氏病的生物标记；④单细胞轨迹、RNA速度和谱系追踪分析揭示了角化细胞向派杰氏细胞的转化，支持了疾病发病机理的原位转化理论。单细胞测序对乳房外派杰氏病（EMPD）皮肤的上皮宏观环境进行表征单细胞测序揭示胃化生细胞起源
和胃癌分子异质性
DissectingtranscriptionalheterogeneityinprimarygastricadenocarcinomabysinglecellRNAsequencingGUT（IF：19.）.06医院第五医学中心研究思路主要结论①构建了全面的胃癌单细胞图谱；②对恶性上皮和非恶性上皮分别进行分析，找到了恶性上皮与非恶性上皮的细胞亚群差异；③发现了一类特殊的细胞亚群，其特异性表达胃主细胞标记基因，富集了WNT信号相关通路，这与主细胞主导型胃底腺癌（GA-FG-CCP）的分子特征一致。胃腺癌单细胞图谱02
发育领域
单细胞测序研究小鼠胚胎
及类囊胚发育
GenerationofBlastocyst-likeStructuresfromMouseEmbryonicandAdultCellCulturesCell（IF：38.）.10医院研究思路主要结论①荧光染色发现EPS类囊胚形成的关键过程在种植后的4h内，细胞之间连接松散，种植后18小时左右，细胞开始形成紧密的聚集体，种植后的第3天，75%细胞聚集物呈现PAR6富集的极化特征；②单细胞测序发现类囊胚在形态学、细胞组成和基因表达上，与小鼠受精囊胚胎都比较相似；③功能实验验证类囊胚能否在子宫内发育成胎儿。结果表明，类囊胚可以诱导子宫内膜的蜕膜化，但不会发育成真正的胚胎。单细胞测序分析类囊胚和自然受精囊胚差异单细胞转录组测序阐述肺泡I型细胞
在肺泡发育和肺泡再生过程中的异质性
ThepulmonaryalveolartypeIcellpopulationconsistsoftwodistinctsubtypesthatdifferincellfatePNAS（IF：9.）.02北京生命科学研究所研究思路主要结论①Igfbp2是一种高度特异性的AT1细胞终末分化的遗传标记；②成熟AT1细胞群包含两种不同类型的细胞：95%Hopx?Igfbp2?和5％Hopx?Igfbp-2AT1细胞；③Hopx?AT1细胞终末分化为Hopx?Igfbp2?AT1细胞亚型；但它们不能转分化成AT2细胞，并且在肺泡再生过程中不能增殖，占95%；④Hopx?Igfbp2?AT1细胞，占成熟的Hopx?AT1细胞5％以下，可分化成AT2细胞，从而有助于肺泡损伤后再生过程中修复组织的完整性。通过单细胞RNA-seq分析出生后AT1细胞的发育03
心血管领域
心脏组织特异性调节性T细胞
对心肌梗死的保护作用
AuniquepopulationofregulatoryTcellsinheartpotentiatescardiacprotectionfrommyocardialinfarctionCirculation（IF：23.）.10华中科技大学同医院研究思路主要结论①Tregs在心肌梗死后第7天达到高峰，并至少维持到28天；②心脏损伤后心肌组织局部Tregs具有典型的“组织Tregs”特征：其在心脏组织局部富集，主要来自于外周循环的招募；③部分心脏Tregs细胞存在TCR克隆扩增，相比之下，脾脏Tregs克隆扩增的频率要低得多；④机制研究表明，心脏Tregs的积累和扩张由IL-33/ST2轴支配，损伤修复通过高表达Sparc等分子增加梗死区胶原蛋白含量并促进胶原成熟。Tregs在损伤心肌中的积累及细胞分群单细胞测序解析不同喂养条件
小鼠主动脉细胞异质性
Aorticheterogeneityacrosssegmentsandunderhighfat/salt/glucoseconditionsatthesingle-celllevelNationalScienceReview（IF：16.）.5江南大学无锡医学院研究思路主要结论①健康对照vs危险因素下，不同细胞类型DEG及富集分析；②巨噬细胞亚群，表皮细胞，成纤维细胞在病理过程中的基因相关网络；③各种危险因素下，小鼠主动脉通透性显著增加。主动脉血管单细胞图谱04
干细胞领域
单细胞转录组测序研究体细胞
化学诱导重编程过程
Single-CellRNA-SeqRevealsDynamicEarlyEmbryonic-likeProgramsduringChemicalReprogrammingCellStemCell（IF：20.）.06北京大学研究思路主要结论①发现新的细胞亚型Ci2C-like，从XEN样状态过渡到CiPS；②构建了重编程的分子轨迹；③Ci2C-like细胞亚型的低甲基化，染色质比较活跃与胚胎2C细胞类似；④通过改进小分子的处理方式，促进Ci2C-like相关基因的激活，加速了重编程进程，将诱导周期从40天缩短至16天。拟时间序列分析重建化学重编程的轨迹单细胞转录组测序
研究人类造血干细胞起源
Tracingthefirsthematopoieticstemcellgenerationinhumanembryobysingle-cellRNAsequencingCellResearch（IF：20.）.09医院第五医学中心研究思路主要结论①血源性内皮细胞(HECs)显示出动脉内皮细胞(ECs)的明确特征；②证实CD44可将HECs群体富集效率提高10倍以上；③绘制了HECs从动脉ECs到造血干细胞祖细胞的发育路径，揭示了在动脉ECs的生血命运选择；④发现了胚胎内另一种时间上和分子上明显不同的HEC亚群，该亚群缺乏动脉特征；⑤揭示了主动脉微环境成分及其潜在的细胞间相互作用。人类胚胎两类不同生血内皮细胞（HEC）及其特征基因05
新冠领域
单细胞测序揭示新冠肺炎
发病过程中免疫反应特征
Single-celllandscapeofimmunologicalresponsesinpatientswithCOVID-19NatureImmunology（IF：20.）.08中国人民医院第五医学中心、北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京大学生命科学学院研究思路主要结论①在新冠肺炎患者PBMC中发现了与特异性免疫应答相关的细胞占比大幅度上升；②新冠肺炎患者PBMC中，包括天然免疫细胞和适应性免疫细胞等多种细胞类型均存在非常强烈的I型干扰素响应以及较强的急性炎症反应；③全面刻画了在新冠肺炎感染不同症状患者中，先天性免疫细胞和T、B细胞亚群的动态变化、克隆特点等免疫反应特征。不同疾病条件下细胞组成的差异06
眼科领域
基于临床级胚胎干细胞
的角膜上皮组织重建
Tissueengineeredcornealepitheliumderivedfromclinical-gradehumanembryonicstemcellsTheOcularSurface（IF：12.）.11厦门大学眼科研究所研究思路主要结论①诱导临床级胚胎干细胞系分化，成功构建了组织工程角膜上皮；②单细胞转录组测序共得到29,个细胞数据，可分为4个亚群，眼表上皮细胞谱系相关基因TP63、Pax6、KRT14上调表达，Wnt、Notch、Hippo和Hedgehog信号通路在分化过程中被激活；③将构建的组织工程角膜上皮细胞移植于角膜缘干细胞缺陷模型兔，发现全层连续的角膜上皮完全覆盖了受损伤区域，表现出正常的角膜缘和角膜上皮表型。人胚胎干细胞向角膜祖细胞的分化过程单细胞测序数据分析
及后续功能验证思路
博奥晶典单细胞平台支持发文列表博奥晶典单细胞测序平台
博奥晶典作为国内第一批引进10xGenomics平台的公司，率先在国内开展上万级通量的单细胞转录组测序服务。目前已经完成了多个样品、几百种不同样品类型的服务，覆盖的物种和样品类型包括人和小鼠的肝脏、肺脏、皮肤、心脏、脑、肾脏、血液、卵巢、神经，以及鸡、斑马鱼、猪、水稻、拟南芥、油菜、白菜、橄榄等，是目前国内大规模单细胞测序经验丰富的公司。
博奥晶典于年12月同时获得了单细胞转录组，单细胞ATAC，单细胞免疫组库3个服务产品的官方CSP认证，并于年9月获得了空间转录组产品的官方CSP认证，成为目前国内唯一一家同时获得4项10xGenomics平台服务官方认证的公司。
博奥晶典支持单细胞测序文章分别发表在Cell、Circulation、CellStemCell、JournalofHepatology、CellResearch、GUT、NatureCommunications、PNAS、CellReports、CancerResearch等期刊，应用领域涉及细胞图谱绘制、类器官、生殖发育、干细胞、血管老化、血管异质性、肿瘤异质性、肿瘤免疫治疗、疾病机制研究等。至此，博奥晶典已累计支持客户发表单细胞高分文章25篇，影响因子.分，是目前国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。■博奥晶典目前可开展以下单细胞测序产品和服务：博奥晶典科研服务事业部李超文案预览时标签不可点收录于话题#个上一篇下一篇