研发对抗新冠病毒的药物应该从何着手?近日，一项多中心合作研究已经产生了一份广泛的药理再利用试验的目标清单，这应该会让研究人员忙上一段时间。
这篇论文于3月22日发表于预印本平台bioRxiv上。研究人员来自加州大学旧金山分校、欧洲分子生物学实验室(EMBL)、密歇根大学等多所研究机构。
对于新冠病毒SARS-CoV-2，目前没有有效的抗病毒药物，也没有预防的疫苗。科学界对SARS-CoV-2感染的分子细节知之甚少。
为了阐明这一点，研究人员在人类细胞中克隆、标记和表达了29种病毒蛋白中的26种，并使用亲和纯化质谱法(AP-MS)鉴定了与每一种蛋白物理相关的人类蛋白，鉴定出种高度可信的SARS-CoV-2-人的蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)。
(图1：用于识别SARS-CoV-2宿主蛋白质-蛋白质相互作用的AP-MS工作流程。)
(图2：SARS-CoV-2蛋白相互作用的全球分析。)
其中，研究人员确定了66种可用药的人类蛋白或宿主因子，这些蛋白或宿主因子由69种现有FDA批准的药物、临床试验中的药物和/或临床前化合物靶向，他们目前正在评估这些药物对SARS-CoV-2感染试验的有效性。研究人员称，鼓励其他人也这么做，并从该图谱中发现可能具有治疗价值的见解。
宿主依赖因子介导病毒感染的鉴定可能为开发广泛有效的针对SARS-CoV-2和其他致命冠状病毒株的抗病毒治疗提供重要的分子靶点。
研究人员提到，事实上，一些在相互作用图谱内的被药物靶向的人类蛋白，其相关药物已经成为治疗Covid-19的候选疗法，如氯喹72、73。
他们注意到，这种药物分别以中nM和低mM浓度的Sigma1和Sigma2受体为靶点。
类似地，阿奇霉素等抗生素也被认为是治疗Covid-19的药物。
研究人员注意到阿奇霉素对人类线粒体核糖体具有脱靶活性，其组分与SARS-CoV-2Nsp8蛋白相互作用(MRPS5、MRPS27、MRPS2和MRPS25)。
其他对线粒体核糖体也有脱靶作用的抗生素，如氯霉素、替加环素和利奈唑胺74,75也值得研究其疗效。
病毒-人类蛋白质图谱
在病毒感染人类的过程中，病毒需要利用复杂的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)来侵入宿主的活体细胞。这种PPI过程也同样被宿主细胞利用来启动激活先天抗病毒防御和适应性免疫系统来对抗病毒。
因此，理解病毒与人的蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)十分重要。
年8月，《Cell》杂志发表了一项重磅研究，研究人员开发了一种新开发的计算框架，称为P-HIPSTer，能利用蛋白质结构信息推断病毒蛋白和人类蛋白之间的相互作用。他们已通过P-HIPSTer对已知的余种可感染人类的病毒及其编码的大约种蛋白质进行了研究，该算法预测了大约28.2万个可能的相互作用蛋白对，其准确度接近80%。
研究人员称，接下来P-HIPSTer将被使用于一些更复杂病原体的研究，如寄生虫和细菌的研究;未来，关于农作物或牲畜的病毒或病原体的研究也会在P-HIPSTer技术的推动下不断深入进行。
参考资料：