新冠病*(SARS-CoV-2)作为RNA病*,相比DNA病*更不稳定,容易变异。关于病*进化的问题也随之而来:SARS-CoV-2进化到更适应人类了吗?是否更具传染性?是否*性更大?
然而,病*突变受自然选择、随机的遗传漂移或最近的流行病学特征等多因素影响,这就造成科学家一时难以区分病*突变是由于适应性还是偶然导致,更难以确定单个突变是否会改变感染或大流行的结果。
截至目前,围绕新冠病*DG突变的研究和争议最多。白宫卫生顾问安东尼·福奇美国当地时间7月2日也表示,新冠病*已经发生变异,可能会让病原体变得更容易传播。就在同日,闻名全球的美国洛斯阿拉莫斯国家实验室(LosAlamosNationalLaboratory)、杜克人类疫苗研究所和外科系、英国谢菲尔德大学等团队的研究人员在顶级学术期刊《细胞》(Cell)在线发表了一项研究,题为“TrackingchangesinSARS-CoV-2Spike:evidencethatDGincreasesinfectivityoftheCOVID-19virus”。他们的研究结果认为:携带S蛋白DG的SARS-CoV-2突变株已成为全球大流行中最普遍的形式。
研究团队对变异频率的动态跟踪显示,G在国家、地区和城市等多个地理级别上呈现反复增长模式。即使此前已经确定了D型为主导地位的地区,D向G的转变也会发生。他们认为,这一模式的一致性具有高度的统计意义,表明G变异可能具有适应性优势。
研究团队还发现,相比突变前,更高的病*载量提示DG突变病*和患者上呼吸道病*核酸水平较高相关。但论文同时指出,“我们发现DG和疾病严重程度之间没有显著关联。”研究团队还提出,G突变假病*与较高的传染性有关,量化分析得出,携带G突变的病*颗粒比对应的D具有明显更高的感染性滴度,增加2.6至9.3倍,并在多种细胞类型中证实。
来自洛斯阿拉莫斯国家实验室等研究团队继续在区域和全球层面监测S蛋白其他的突变,并在公共网站(cov.lanl.gov)定期更新。
该研究的通讯作者、第一作者为洛斯阿拉莫斯国家实验室的计算生物学家BetteKorber,主要研究艾滋病病*的分子生物学和种群遗传学,为获得有效的艾滋病*疫苗作出了重大贡献,其中一种目前正在非洲进行人体试验。年,Korber曾获得欧内斯特·奥兰多·劳伦斯奖(ErnestOrlandoLawrenceAward),该奖是美国能源部颁发的对科学成果最高认可的奖项。
值得一提的是,此前的4月,研究团队已率先在预印本平台bioRxiv发表了他们的研究,题为“SpikemutationpipelinerevealstheemergenceofamoretransmissibleformofSARS-CoV-2”。随后的5月5日,他们更新发布了第二版。
而自他们的研究公开发表以来,就引发了领域内科学家的广泛讨论。在预印本发表之际,即有质疑者提出,现在就判断任何一种*株更具传染性都为时过早。一些人甚至提出,G突变病*株之所以传播得如此之深远和广泛,是因为它恰好感染了在大流行最初阶段没有采取措施的地区。或许研究者还需要做更多的工作来确定是否有任何*株比其他*株更具传染性,以及确定病*的变异速度是否可能超过疫苗的研发速度。
“这里有很多猜测,他们没有经过实验验证。”休医院疫苗开发中心的PeterHotez博士表示。
哈佛大学陈曾熙公共卫生学院的BillHanage博士则认为,单点突变不太可能产生任何影响。Hanage写道,重要的是要记住,任何药物或疫苗都要经过测试,以对抗正在传播的任何一种病*。“病*能这么早地在所有这些疫苗上找到逃逸突变,那就太幸运了。”他还认为,由于几乎没有人对该病*有任何自然免疫,因此几乎没有或根本没有导致逃逸突变的选择压力。
值得注意的是,刊发于《Cell》上的这篇论文经同行评议正式刊发的版本和此前的预印本版本发生了很大的变动,减少了猜测性观点,增加了大量实验数据。来自耶鲁大学公共卫生学院、哈佛大学公共卫生学院、哥伦比亚梅尔曼公共卫生学院的三位学者同期在《细胞》杂志则发表了另一篇文章,对洛斯阿拉莫斯国家实验室Korber等人的这项研究作出点评,题为“Makingsenseofmutation:whatDGmeansfortheCOVID-19pandemicremainsunclear”。
这三位学者提到,Korber等人的新研究是这场争论的核心。“他们提供了令人信服的数据,表明大流行早期出现病*S蛋白DG出现了氨基酸变化,而携带G的病*现在在世界各地占据主导地位。”但他们提出,关键的问题是:这是否是自然选择的结果,以及这对COVID-19大流行意味着什么?
他们认为,Korber等人提供的这些数据并不能证明G比D病*更具传染性或更易传播。“DG对COVID-19大流行的潜在影响(如果有的话)仍存在许多问题。”
“早期预警”:追踪新冠病*S蛋白进化
论文提到,此前已有研究提出,冠状病*有遗传校对机制,而SARS-CoV-2序列多样性非常低,然而,自然选择仍然可以对罕见但有利于病*的突变起到作用。
类似的情况是,抗原漂移(antigenicdrift)导致流感病*在流感季节逐渐累积突变,免疫抗性突变和适应性之间复杂的相互作用使抗体抗性在人群中发展,这也就推动了每隔几个季节就需要开发新流感疫苗的需求。更长的流感季节则增加了选择压力的机会。
所谓的抗原漂移,指的是病*通过改变自己的基因,让蛋白的序列和结构改变,从而使得原本有免疫力的人识别不了。论文指出,虽然SARS-CoV-2显示出一些季节性减弱的迹象,但大流行的持续存在可能使即使研制出疫苗,病*也会积累与免疫相关的突变。
目前已知的是,普通的感冒冠状病*OC43、E,甚至SARS-CoV-1Z中,都存在抗原漂移。虽然目前尚无证据表明SARS-CoV-2存在抗原漂移,但随着广泛的人际传播,SARS-CoV-2也可能获得具有适应度优势和免疫抗性的突变。
研究团队认为,“现在就