兽用疫苗制品种分类方法很多。根据微生物的完整度可分为全微生物疫苗和亚单位疫苗；根据免疫途径可分为注射、口服、气雾疫苗疫苗等；根据生长繁殖力可分为活疫苗(包括强毒和弱毒疫苗)和灭活疫苗；还可以根据组织来源及制造方法、根据物理状态、根据佐剂成分等进行分类。但是，我们常规的方法总结归类为活疫苗、灭活疫苗、亚单位疫苗、活载体疫苗、合成肽疫苗等。
1活毒疫苗
活毒疫苗是从野生微生物衍生而来的，是将致病株在实验室条件下经反复的传代减毒或筛选自然弱毒株制备而成的疫苗。活毒疫苗保持了良好的免疫原性和遗传特性，毒力也在可控范围内，能够刺激动物的免疫系统产生特异性保护能力，又不会引发动物的疾病，在疫病的预防、控制和扑灭过程中存在着重要的意义。例如猪瘟（C株）活疫苗、鸡新城疫株（Lasota株）活疫苗等。
活毒疫苗接种到动物肌体之后，疫苗毒能够动物体内增殖，这是模拟了病原的自然感染过程。该类疫苗可以通过毒株的所有抗原表位刺激机体产生反应，免疫原性超强，能够诱导机体对同种病原产生持久或终生的特异性免疫反应。该种疫苗既可产生体液免疫，也可产生细胞免疫，还能够产生局部的免疫。
此种疫苗的优点是免疫效果好，接种剂量小，接种次数少，应答速度快，免疫期长，成本还低。但其缺点也很明显：首先是稳定性较差，可能存在毒力返强和散播病原（特别是强毒疫苗，在已经很少应用）的危险；其次是该种疫苗的研发时间相对较长，在生产中也有可能被其它的病原污染，对生物安全条件要求比较高；第三是活毒疫苗的制作技术一般采用的是真空冻干工艺，需要-15℃～-20℃的冷冻条件保存，储存与运输不方便。但是随着耐热保护剂工艺的普及，这种情况可能会有所缓解；第四是野毒株感染可以导致活毒疫苗的效果降低，接种在免疫缺陷的个体中可能诱发严重疾病；
2灭活疫苗
灭活疫苗又被称作死苗，是选用免疫原性强的病原体，经人工大量培养后，采用物理（高温）或化学（通常是甲醛溶液）等方法让其失去活性而制成的疫苗。该类疫苗包含了完整的病原体（保留了抗原决定簇）及其产生的毒素，保留了全部或部分的免疫原性，接种后抗原可以刺激机体产生免疫应答，产生主动的免疫能力，达到保护机体免受伤害的作用。目前最常用的灭活疫苗类型有油佐剂疫苗和氢氧化铝胶疫苗等，包括口蹄疫灭活疫苗、禽流感灭活疫苗等。
灭活疫苗的优点是：研发速度快，技术成熟，生产也相对简单；灭活过程中病原体已经失活，破坏了传染因子，致病性丧失或减弱，因此，不具有感染性，污染问题较少。该疫苗比较安全，可以用于免疫缺陷者；保存温度要求2-8℃，易于保存与运输；便于制备多价苗或多联苗。灭活疫苗的缺点是：灭活疫苗接种后不能在动物体内繁殖，抗原性较差，诱导的免疫反应和保护效果较低，通常需借助佐剂以增强免疫效果，因此使用时接种剂量较大；佐剂的成分和工艺会影响灭活疫苗的免疫原性，佐剂和制剂中的灭活剂残留也会带来副作用，如疫苗接种后导致精神萎顿、采食量和生长速度下降等；不能通过自然感染途径接种，不易产生局部免疫力；免疫期较短，须接种多次重复接种；虽然能够诱导产生包括中和抗体在内的免疫反应，但不能诱导细胞毒T淋巴细胞反应，且容易出现抗体依赖性增强（antibody-dependentenhancement，ADE）效应。
3亚单位疫苗
此类疫苗主要是从病原微生物培养物中，利用基因工程技术除去核酸，经提纯和克隆特异性抗原基因而制成的疫苗。
亚单位疫苗的优势在于：首先是没有核酸成分，不保留病原微生物的遗传信息,所以不具备感染性，保证了疫苗的安全，对生态环境不会造成危害；由于抗原为病原体表面的某一特定蛋白，仅为病原微生物的部分成分，因而免疫针对性强。经纯化的亚单位疫苗基本全部由特异性抗原组成，由于去除了病毒颗粒中一些引起不良反应的成分，副反应更小。
亚单位疫苗也有不足之处：首先是亚单位的体积较小，有些甚至是半抗原，免疫反应强度也受到了限制，免疫原性差，所以需要免疫佐剂的参与。
其次是由于亚单位疫苗抗原的单一性，其对同一血清型的不同毒株交差免疫保护力不确实。
4基因缺失疫苗
基因缺失疫苗是利用突变、缺失或插入碱基的方法改变病原基因组中的毒力基因或生长非必需基因的序列，使毒力基因失去相应的表达功能，但仍表达保护性免疫蛋白的方法制作的疫苗。基因缺失疫苗的制备过程，实际上就是人为的让病原减毒的过程，经过改造的病原依然保存一定的侵袭力和繁殖能力。如伪狂犬病基因缺失疫苗等。
本疫苗的特点是：安全性好，不易出现返袓现象。免疫原性好，产生的免疫力坚实，免疫期长。适于局部接种，能诱导产生粘膜免疫力。为疫苗毒株和野毒株感染的鉴别诊断提供了条件。
5活载体疫苗
活载体疫苗是是通过转基因技术，将抗原基因重组到没有致病性的载体病毒或细菌上而制作出了的疫苗。当该种疫苗接种到动物身上后，随着载体微生物在机体内的复制，抗原基因也会相应增殖，使其不断的表达出免疫效果，进而诱导机体产生相应的免疫反应，以达到对疾病的防治效果。
活载体疫苗的优点是研制会相对简单，载体容易寻找，不出现毒力返强，不受母源抗体干扰、诱导细胞免疫和体液免疫的能力均较强，对疾病的防治效果好。但是在疫苗使用过程中也存在一些安全隐患，比如说疫苗在进行二次注射的时候，机体会出现对载体的排斥现象；机体内也会存在针对载体的抗体，削弱了载体诱导的免疫反应能力等，这些问题在一定程度上影响到疫苗的使用效果。
6合成肽疫苗
合成肽疫苗就是将病原微生物表位的氨基酸序列以人工的方式、利用化学的方法合成，并和对应载体有效融合在一起制备而成的基因工程疫苗，是具有保护性作用的类似于天然抗原决定簇的多肽疫苗。
该种疫苗也不含核酸，是理想的安全型疫苗；具有可记忆性、反应持续时间长等优势，但同时缺点也很明显，比如说，抗原表位构象复杂，准确筛选具有局限性，正确组装也是关键；免疫原性较低，需要佐剂辅助才能产生较好免疫应答，适用的佐剂研发难度也较大。所以，目前研制成功并完全应用于生产实践的还不是很多。
